สมาคมรักษ์ทะเลไทย เป็นพัฒนาการที่ต่อเนื่องมาจากโครงการพัฒนาชุมชนประมงขนาดเล็ก บ้านปากบางนาทับ อำเภอจะนะ จังหวัดสงขลา      เมื่อปี พ.ศ. 2524 ซึ่งถือเป็นองค์กรพัฒนาเอกชน พัฒนาชนบท (NGO) องค์กรแรกของภาคใต้ ที่เกิดจากความร่วมมือระว่างโครงการปฎิรูปการเกษตรและพัฒนาชนบท (WCARRD) ร่วมกับโครงการจัดตั้งภาควิชาวาริชศาสตร์ คณะทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ โดยมีพื้นที่เป้าหมาย คือ ชุมชนประมงขนาดเล็ก ในตำบลนาทับ อำเภอจะนะ จังหวัดสงขลา

ต่อมาในปี 2528 มีการขยายพื้นที่ทำงานไปยังพื้นที่รอบทะเลสาบสงขลา และชุมชนประมงชายฝั่งทุกอำเภอในจังหวัดสงขลา ตั้งแต่ อำเภอเทพา  ถึง อำเภอระโนด แล้วมีการเปลี่ยนชื่อเป็น “โครงการพัฒนาชุมชนประมงขนาดเล็ก จังหวัดสงขลา” จัดการบริหารโครงการโดยมีคณะกรรมการโครงการ ประกอบด้วยเหล่าคณาจารย์จากมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ 6-7 ท่าน เข้ามาเป็นที่ปรึกษาทางวิชาการ แหล่งเงินทุนการดำเนินการในช่วงนั้น ส่วนใหญ่ได้รับการสนับสนุนจากแหล่งเงินทุนต่างประเทศ เช่น รัฐบาลฝรั่งเศส องค์กรแตร์ เด ซอม MISEREOR และ CEBEMO เป็นต้น

หลังจากนั้นนับตั้งแต่ปี 2528 เป็นต้นมา ได้เกิดองค์กรพัฒนาเอกชนเกิดขึ้นในพื้นที่ต่างๆ ที่มีกลุ่มเป้าหมายเป็นชุมชนประมงชายฝั่ง ตลอดจนสนับสนุนให้ชาวประมงพื้นบ้านได้มีองค์กรของตัวเอง เพื่อเป็นปากเสียงและพิทักษ์สิทธิ์จนถึงการนำเสนอปัญหาและแนวทางการแก้ไขต่อหน่วยงานต่างๆ จึงก่อเกิด “สมาพันธ์ชาวประมงพื้นบ้านภาคใต้” ขึ้นเมื่อปี 2536 ปัจจุบันได้จดทะเบียนเป็น “สมาคมสมาพันธ์ชาวประมงพื้นบ้านแห่งประเทศไทย” และระหว่างปี 2535-2545  กองทุนสิ่งแวดล้อมของรัฐบาลเดนมาร์ก (DANCED) ได้เข้ามาสนับสนุนการดำเนินกิจกรรมของสมาพันธ์ชาวประมงพื้นบ้านภาคใต้ และเครือข่ายองค์กรพัฒนาเอกชนที่ทำงานสนับสนุนชุมชนประมงชายฝั่งในภาคใต้ (NGOsเล ภาคใต้) มีการจัดตั้งเป็น “โครงการการจัดการทรัพยากรชายฝั่งภาคใต้” ขึ้น จนเมื่อหมดงบประมาณสนับสนุนจาก DANCED มูลนิธิพัฒนาที่ยั่งยืนจึงได้สานต่อโดยสนับสนุนให้คนทำงานและกิจกรรมของสมาคมสมาพันธ์ฯ ได้ดำเนินการต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน

จากการพูดคุยระหว่างคนทำงานและที่ปรึกษาของโครงการมีข้อเสนอแนะว่า บุคลากรที่เกี่ยวข้องและมีส่วนสนับสนุนการทำงานของโครงการตั้งแต่ต้นนั้น ถึงเวลาที่จะต้องดำเนินการจดทะเบียนการทำงานที่เป็นโครงการให้เป็นนิติบุคคล จึงได้มีการประชุมปรึกษาหารือและยื่นจดทะเบียนเป็น “สมาคมรักษ์ทะเลไทย” ได้รับการรับรองการจดทะเบียนจากผู้ว่าราชการจังหวัดสงขลา เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม 2550 เป็นต้นมา จึงมีงบประมาณทั้งจากหน่วยงานรัฐและเอกชนให้การสนับสนุน เช่น กรมส่งเสิรมคุณภาพสิ่งแวดล้อมสำนักงานบริหารและพัฒนาองค์ความรู้องค์การมหาชน (สบร.) กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ มูลนิธิซีเมนต์ไทย (SCG) และแหล่งทุนต่างประเทศ เช่น OXFAM GB สถานฑูตญี่ปุ่น เป็นต้น